Los orígenes de Xochimilco se remontan a la época prehispánica. Desde el Período Preclásico mesoamericano sus riberas e islas fueron el hogar de diversos pueblos de filiación desconocida. Al inicio del Posclásico, Xochimilco era un importante altépetl que fue sometido por los mexicas en el siglo XV.
Durante la Colonia y los primeros años de la vida independiente de
México, el territorio de Xochimilco se convirtió en proveedor de
alimentos para la Ciudad de México.
En el territorio de Xochimilco se encuentran catorce pueblos originarios que conservan muchos rasgos de su cultura tradicional y herencia indígena, a pesar del avance de la urbanización.En contraste, la zona norte de Xochimilco se encuentra plenamente
integrada a la mancha urbana de la Ciudad de México, y en ella se
asientan algunas zonas industriales y de servicios que constituyen parte
importante de la vida económica de la delegación. Finalmente, las
montañas del sur y la zona lacustre del centro forman parte de la mayor
reserva natural del Distrito Federal.
Xochimilco tiene particular importancia por la existencia de las chinampas. Son el testimonio de una antigua técnica agrícola mesoamericana que fue desarrollada y compartida por varios pueblos del valle de México. Tras la desecación de los lagos del Anáhuac, sólo Xochimilco y Tláhuacconservan la chinampería. Por ello, es uno de los principales destinos
turísticos del Distrito Federal que atrae no tanto a visitantes
mexicanos como extranjeros. Con el propósito de contribuir a la
conservación del entorno lacustre, la Unesco proclamó las chinampas de Xochimilco como patrimonio de la humanidad en 1987. La declaratoria ha estado dos ocasiones en peligro, debido al deterioro de las chinampas ante el avance de la urbanización.
Las evidencias más antiguas de la ocupación humana en el territorio del actual Xochimilco datan del período preclásico superior. Sus habitantes estaban relacionados con la cultura de Cuicuilco, como lo muestran los hallazgos arqueológicos de Cuemanco. Al final del Preclásico una parte importante de la población del valle de México se concentró en Teotihuacan,
de modo que sólo permanecieron en la ribera xochimilca algunas pequeñas
aldeas. Después del colapso teotihuacano, la población de la metrópoli
se dispersó por el valle y algunos de esos grupos llegaron a Xochimilco.
Como resultado de la mezcla entre los grupos teotihuacanos y los
migrantes chichimecas del siglo X se estableció el pueblo xochimilca en la ribera sur de los lagos del Anáhuac.